1. Trang chủ >
  2. Khoa học tự nhiên >
  3. Sinh học >

KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN

Bạn đang xem bản rút gọn của tài liệu. Xem và tải ngay bản đầy đủ của tài liệu tại đây (1.28 MB, 87 trang )


vaccine này nằm trong nhóm châu Mỹ, phân nhóm 2.1, gần với chủng gốc châu Mỹ

(99.7%) (phụ lục 2).

4.2. Thiết lập cây di truyền của virus PRRS dựa trên khung đọc mở ORF5

Cây di truyền virus PRRS dựa trên khung đọc mở ORF5 600 nt được xây dựng

sau khi ứng dụng chương trình sinh tin học MEGA 4.1 (Hình 4.2 và Hình 4.3).

Cây di truyền trên được thiết lập từ 6 chủng virus PRRS thực địa lấy từ các

trang trại khác nhau, trong đó: 4 chủng virus PRRS ở Tp.HCM và 2 chủng ở Đồng Nai

(các chủng có ký hiệu cuối là HCM/VN và DN/VN), 1 chủng virus PRRS tham khảo

từ Quảng Nam, Việt Nam năm 2007, 07QN/VN (chủng có ký hiệu cuối là QN/VN) và

6 chủng virus của vaccine, trong đó, 2 chủng vaccine dòng Châu Âu Porcilis PRRS

của Intervet-Hà Lan (Porcilis PRRS), Amervac PRRS của Hipra-Tây Ban Nha

(Amervac-PRRS), 4 chủng vaccine dòng Châu Mỹ, PrimePac (Schering-Plough

Animal Health), RespPRRS MLV, Ingelvac PRRSV MLV (Ingelvac PRRS), BSL-PS

100 của Besta-Singapore (BSL-PS100), và 25 chủng virus PRRS từ ngân hàng gen

(Bảng 3.5). Cây di truyền đựơc xây dựng trên phần mềm phân tích trình tự MEGA4.1,

phương pháp neighbor-joining, tỷ số Ts/Tv 2.236, giá trị boottrap lập lại 1000 lần.

PRRSV gồm 2 dòng, dòng Châu Âu và dòng châu Mỹ (Nelsen và ctv, 1999).

GP5 (do ORF5 qui định) là kháng nguyên trung hoà quan trọng nhất của virus PRRS

và có sự đa dạng di truyền cao nhất giữa các chủng. Vài nghiên cứu về sự đa dạng di

truyền trên ORF5 từ những nước và vùng khác nhau (Cha và ctv, 2006; Stadejek và

ctv, 2006; Mateu và ctv, 2006; Forsberg và ctv, 2002) cho thấy rằng sự phân bố theo

địa lý có thể ảnh hưởng đến sự tiến hoá phân tử của PRRSV.



22



GD

-1



h)

(s N

1

/V

BH CMM/VN

H C M/VN

0//H

C VN

/HC

9T12

M

385

42H

2

8

N/VN

07 /D/D

N

QN /VN



c

va

er

Am



SV

R

R

P



ilis

rc

o

P



LV



B1

3



Lelystad



Eu

ro

P

R

RS

V



Re

sp B

PR S

RSL10

M

L0V

S1

BJ1-4

2

P .

N

1

0



08

06

SYHEN

7

00

BJ

07

7H

EBT

J



V

R

-2

HN33

12

PL97-1

8

A

P 85

23

VR



H

B2



CH

-1a



F1



P129



JA14

2

Ingelvac PRRS



-1

93



SP



to

sa

ta

Ki



P

rim

eP

ac



0.02



Hình 4.2 Cây di truyền của virus PRRS dựa trên ORF5, dạng khơng gốc

(unroot).



23



Nhóm

01NP1.2

BJ-4



26



35 S1



RespPRRS MLV



51



BSL-100

33



VR2385

PA8



44



PL97-1

9927



2.1



HN1



97



VR-2332

62



F1

Kitasato 93-1



40



PrimePac



39



SP



99



P129

Ingelvac PRRS



54



99 JA142



2.3



CH-1a

HB-2



44



GD-1



62



HB-1(sh)

71



90/HCM/VN

91/HCM/VN



93



60 T2/HCM/VN

20 T5HCMVN

30

93



3428/DN/VN



2.2



82/DN/VN

88



07QN



32



SY0608

07HEN

07BJ



31

96 07HEBTJ



EuroPRRSV

Amervac PRRSV

99



1



Porcilis



76

86



LV

B13



80

60 Lelystad



0.02



Hình 4.3 Cây di truyền virus PRRS dựa trên ORF5 dạng cây (phylogram).

Hình 4.2 và 4.3 là cây di truyền xây dựng dựa trên vùng khung đọc mở ORF5

của virus PRRS bằng phần mềm phân tích trình tự MEGA4.1. Qua cây di truyền trên

ta có thể chia các chủng PRRSV làm 2 nhóm chính: nhóm 1 (dòng Châu Âu) với sự

24



hiện diện của chủng LV là chủng đại diện cho virus PRRS dòng Châu Âu, nhóm 2

(dòng châu Mĩ) với hiện diện của chủng VR2332 là chủng đại diện cho virus PRRSV

dòng Châu Mỹ. Độ tương đồng giữa nhóm châu Âu và châu Mỹ dựa vào khung đọc

mở trên là 60,9 – 65,2 % (phụ lục 1). Bên trong nhóm 2 (chủng Châu Mỹ) ta có thể

chia thành 3 phân nhóm, phân nhóm 2.1 gồm một số virus gần với chủng gốc châu Mĩ

VR2332 và chủng vaccine sống bị làm yếu RespPRRS MLV (tương đồng về mặt

nucleotide khoảng 90 – 100 %) (phụ lục 1), những virus PRRS trong phân nhóm này

tương đồng 89-100% về trình tự nucleotide (phụ lục 1). Phân nhóm 2.3, gồm 2 chủng

Trung Quốc phân lập vào những năm 1997 và 2002 (CH-1a, HB-2), nhóm này tương

đồng với chủng gốc Nam Mỹ VR-2332 (88,9-92 %) (phụ lục 1) và độ tương đồng giữa

2 chủng CH-1a và HB-2 là 95,7 % (phụ lục 1). Phân nhóm 2.2 gồm tập hợp virus

chủng Trung Quốc độc lực cao phân lập vào năm 2006 và 2007, giống nhau về trình tự

nucleotide khoảng 95,5 – 100 %, tương đồng thấp so với chủng VR-2332 (88,6- 89,6

%) và RespPRRS MLV (88,2 – 89,2 %) (phụ lục 1). Những chủng Châu Á thuộc

nhóm 2, chủng Hàn Quốc PL-97 tương đồng thấp với những chủng phân lập ở Trung

Quốc độc lực cao năm 2006 – 2007, và tương đồng nhiều hơn so với chủng BJ-4,

chủng Trung Quốc năm 2000 (99,2 %) (phụ lục 1) và đuợc xếp vào phân nhóm 2.1.

Chủng virus PRRS ở Nhật, Kitasato, gần với các chủng vaccine PrimePac và chủng

gốc của vaccine PrimerPac, SP (91 – 91,2 %) thuộc phân nhóm 2.1 (phụ lục 1).

Trong nhóm 2, phân nhóm 2.1 ta thấy sự xuất hiện của vaccine BSL-PS 100 mà

chúng tơi tiến hành ly trích và giải trình tự. Độ tương đồng của virus vaccine trên so

với chủng gốc châu Mỹ, VR2332, là 99,3 % về mặt nucleotide và so với vaccine

RespPRRSV MLV và chủng S1 là 99,7 % (Phụ lục 1).

Qua hình trên chúng tơi nhận thấy: nhóm virus PRRS phân lập tại Đồng Nai và

Tp.HCM cũng như chủng virus tham khảo ở Quảng Nam nằm trong nhóm 2, phân

nhóm 2.2 và nằm cùng nhánh với chủng Trung Quốc độc lực cao 2006 và 2007. Độ

tương đồng giữa các chủng trong nhóm này là 95,5 – 100 % (Phụ lục 1). Điều này phù

hợp với nghiên cứu của Youjun Feng và Tung Nguyen, 2008 về di truyền của virus

PRRS ở Việt Nam và Trung Quốc năm 2007. Cụ thể là các chủng virus ở Đồng Nai và

Tp.HCM,







hiệu



90/HCM/VN,



91/HCM/VN,



82/DN/VN,



3428/DN/VN,



T2/HCM/VN, T5/HCM/VN và chủng tham chiếu từ Việt Nam 07/QN/VN đều thuộc

nhóm 2, phân nhóm 2.2. Trong đó, 2 chủng phân lập ở Đồng Nai (3428/DN/VN và

25



82/DN/VN) và 2 chủng Tp.HCM (T2/HCM/VN và T5/HCM/VN) nằm trong một

nhóm riêng so với hai chủng phân lập tại Tp.HCM còn lại (90/HCM/VN và

91/HCM/VN). Các chủng Đồng Nai và Tp.HCM tương đồng cao với chủng tham

chiếu ở Quảng Nam, Việt Nam năm 2007 (07/QN/VN) (98 – 98,7 %) (phụ lục 1) và

với chủng Trung Quốc độc lực cao phân lập những năm 2006 (SY0608) và 2007

(07HEN, 07BJ, 07HEBTJ) (98,5-99,7%) (phụ lục 1) và tách riêng so với các chủng

Trung Quốc phân lập trứơc đó vào những năm 2002 (HB-1) và 2003 (GD-1) (95,596,8%) (Phục lục 1). Điều này chỉ ra mối quan hệ gần giữa các chủng virus ở Tp.HCM

và Đồng Nai so với chủng virus PRRS ở Quảng Nam, Việt Nam năm 2007 cũng như

của nước Trung Quốc lân cận, và chứng tỏ đựơc sự giao lưu của các chủng virus

PRRS ở Đồng Nai, Tp.HCM với chủng phân lập ở Quảng Nam năm 2007 và các

chủng phân lập tại Trung Quốc trong các năm 2006, 2007. So với chủng virus vaccine

BSL-PS 100 và vaccine Ingelvac đang được thương mại tại Việt Nam, thì độ tương

đồng lần lượt là 87,9 – 88,6 % và 89,6 – 90,4 % về mặt nucleotide (Phụ lục 1). Sự

tương đồng thấp về mặt di truyền dựa trên khung đọc mở ORF5 giữa chủng thực địa

tại Đồng Nai, Tp.HCM và chủng vaccine đang sử dụng có thể ảnh hưởng đến hiệu quả

việc sử dụng vaccine.

Nhóm 2 chủ yếu được phân lập từ Châu Âu, không thấy các chủng virus PRRS

ở Đồng Nai và Tp.HCM trong nghiên cứu của chúng tơi thuộc vào phân nhóm này.

Nhìn chung, dựa trên mối quan hệ di truyền mà cây di truyền từ khung đọc mở

ORF5 đã chỉ ra, chúng tôi nhận thấy rằng virus PRRS ở Đồng Nai và Tp.HCM chúng

tôi tiến hành nghiên cứu thuộc nhóm 2, phân nhóm 2.2 cùng với các chủng độc lực cao

phân lập từ Trung Quốc trong những năm gần đây. Nhóm này chưa có sự biến đổi di

truyền so với chủng Trung Quốc. Rất có khả năng các chủng chúng tôi tiến hành

nghiên cứu tại Đồng Nai và Tp.HCM có nguồn gốc từ chủng độc lực cao của Trung

Quốc phân lập được trong những năm gần đây (2006-2007). Đặc biệt, chủng virus

PRRSV tại Đồng Nai và Tp.HCM thuộc phân nhóm 2.2, khác phân nhóm với hai

chủng vaccine đang được thương mại ở Việt Nam là BSL-PS 100 và Ingelvac, và độ

tương đồng lần lượt so với 2 chủng vaccine là 89.6 – 90.4 % và 87.9 và 88.6 % (Phụ

lục 1). Độ tương đồng thấp về mặt di truyền giữa chủng thực địa và chủng vaccine có

thể làm giảm hiệu quả chiến lược tiêm phòng bằng vaccine trên.



26



4.3. Thiết lập cây di truyền của virus PRRS trên khung đọc mở ORF7

Cây di truyền virus PRRS dựa trên khung đọc mở ORF7 (385 nt) được thiết lập

sau khi ứng dụng chương trình sinh tin học MEGA 4.1 (Hình 4.4 và Hình 4.5).

Khung đọc mở ORF7 của virus PRRS qui định protein vỏ capsid (14–15 kDa)

bao bọc bộ gen virus, là protein đa dạng nhất trong hạt virus, và được dùng trong chẩn

đoán PRRSV (Casal và ctv, 1998; Yang và ctv, 2000).

Cây di truyền được xây dựng dựa trên 9 chủng virus PRRS chúng tôi phân lập

được. Trong đó, 5 chủng từ Bà Rịa – Vũng Tàu, 2 chủng Đồng Nai và 2 chủng từ

Tp.HCM (các chủng có kí hiệu cuối là BRVT/VN, DN/VN và HCM/VN, 1 chủng

virus tham khảo trong nước phân lập năm 2007 tại Quảng Nam (07QN/VN) (Bảng

3.4) và 6 chủng virus của vaccine, trong đó, 2 chủng vaccine dòng Châu Âu Porcilis

PRRS của Intervet-Hà Lan (Porcilis PRRS), Amervac PRRS của Hipra-Tây Ban Nha

(Amervac-PRRS), 4 chủng vaccine dòng Châu Mỹ, Ingelvac PRRSV MLV (Ingelvac

PRRS), PrimePac (Schering-Plough Animal Health), RespPRRS MLV, BSL-PS 100

của Besta-Singapore (BSL-PS 100), và 20 chủng virus PRRS từ ngân hàng gen (Bảng

3.5). Cây di truyền đựơc xây dựng trên phần mềm phân tích trình tự MEGA4.1,

phương pháp neighbor-joining, tỷ số Ts/Tv 5.096, giá trị boottrap lập lại 1000 lần.

Hình 4.4 và 4.5 là cây di truyền xây dựng dựa trên khung đọc mở ORF7 của

virus PRRS bằng phần mềm phân tích trình tự MEGA4.1. Qua cây di truyền trên ta

thấy có sự phân tách rõ giữa 2 nhóm: nhóm 1 (dòng châu Âu) (94,6 – 100 %) (phục

lục 2) với sự hiện diện của chủng LV là chủng đại diện cho virus PRRS dòng Châu

Âu, và nhóm 2 (dòng châu Mỹ) (89,5 – 100 %) với hiện diện của chủng VR2332,

chủng đại diện cho virus PRRSV dòng Châu Mỹ. Từ cây di truyền ta thấy rằng khung

đọc mở ORF7 giữa các chủng virus PRRS dòng châu Mỹ có tính ổn định (tương đồng

hơn 89,5 % về mặt nucleotide) (phụ lục 2) cao hơn so với khung đọc mở ORF5 (

tương đồng hơn 87,7 % về mặt nucleotide) (phụ lục 1). Và sự khác biệt giữa dòng

virus PRRS châu Âu và châu Mỹ trên khung đọc mở này là khá rõ : tương đồng giữa

châu Âu và châu Mỹ dựa trên khung đọc mở ORF7 là 64,8 – 68,4 % về mặt nucleotide

(Phụ lục 2) so với 60,9 – 65,2 % trên khung đọc mở ORF5 (Phụ lục 1).



27



P129

In

J

Ag

1e

4lv

2ac PRR

SA

Pr

TP

S

Pim6

e1

//B

BR

P

aR

VT

cV

T//VN

VN



HB-2

-1a

CH

N

HE

07 VN

M

C

H

T5



T2

HC

M

SY0

6V0N8J

07/QN/VN

T

EB BJ

H

07

07



S

R

R

pP

-1 2

s

97

e

P1.

LN

1

R

P

0

1-23

S

V

R

32



VD

/B

RV

T

342 /VN

8DN

VN

82DNVN

N

/V

4/BRVT



1 1

F

N-PS100

HA

S

B

P

B

J- 8

4



LV

M

S

R

PR

cva

er

m

A



1

S

2.

RR

4. ilis P

LVorc

P



LV



0.02



Eu

ro

PR

RS

V



Hình 4.4 Cây di truyền của virus PRRS dựa trên ORF7 dạng khơng gốc

(unrooted).



28



78



4/BRVT/VN



54



82DNVN



Nhóm



3428DNVN

VD/BRVT/VN



79



20 07BJ



07HEBTJ

07/QN/VN



38



SY0608

92



2.2



T2HCMVN



67 T5HCMVN



17



07HEN

CH-1a



30

40



HB-2

P129

Ingelvac PRRS ATP



26



JA142



95



1/BRVT/VN



99



6/BRVT/VN

98

34



PrimePac

SP



F1



61



HN1

80

58 BS-PS100



PA8



74



2.1



BJ-4

64 RespPRRS MLV



PL97-1

25



01NP1.2

S1



11 VR-2332



EuroPRRSV

Amervac-PRRS

99



LV



1



46



LV4.2.1

56



Porcilis PRRS



0.02



Hình 4.5 Cây di truyền của virus PRRS dựa trên ORF7, dạng cây (phylogram).

Từ cây di truyền trên ta thấy, ở nhóm 1 (dòng châu Âu), các chủng virus chủ

yếu có nguồn gốc từ châu Âu, đây là những chủng độc lực thấp. Các chủng PRRSV ở

Đồng Nai, Bà Rịa-Vũng Tàu và Tp.HCM nghiên cứu khơng có trong nhóm này.

29



Trong nhóm 2 (dòng châu Mỹ) ta có thể chia thành 2 phân nhóm. Phân nhóm

2.1 gồm tập hợp các virus gần với chủng châu Mỹ VR-2332 và chủng vaccine

RespPRRSV MLV (95,7-100 %) (Phụ lục 2). Phân nhóm 2.2 gồm tập hợp các chủng

virus phân lập từ Trung Quốc trong các năm 1998 đến 2007 và các chủng Châu Mỹ

P129 và JA142, tương đồng 92,7-100 % về mặt nucleotide và quan hệ xa với chủng

VR 2332 và RespPRRSV MLV (92,7 – 94,9 %) (Phụ lục 2). Trong đó, các chủng phân

lập từ trung Quốc trong các năm 2006 đến 2007 nằm cùng một nhóm tách riêng so với

nhóm các chủng phân lập từ Trung Quốc trước năm 2006 (CH-1a và HB-2) và chủng

từ Mỹ (P129 và JA142), tỉ lệ tương đồng giữa 2 nhóm là 92,7 – 96,2 % (Phụ lục 2).

Qua cây di truyền trên, chúng tôi nhận thấy rằng các chủng virus PRRS của

Đồng Nai, Bà Rịa – Vũng Tàu và Tp.HCM dựa trên khung đọc mở ORF7, được xác

định nằm trong phân nhóm 2.1 và 2.2. Cụ thể, các chủng virus thực địa tại Bà Rịa –

Vũng Tàu (4/BRVT/VN, VD/BRVT/VN), Đồng Nai (82/DN/VN, 3428/DN/VN), và

Tp.HCM (T2/HCM/VN và T5/HCM/VN) thuộc phân nhóm 2.2 cùng nhóm với các

chủng Trung Quốc độc lực cao, trong khi đó hai chủng phân lâp từ Bà Rịa – Vũng Tàu

còn lại (1/BRVT/VN 6/BRVT/VN) thuộc phân nhóm 2. 1.

Xét trong phân nhóm 2.1, hai chủng virus ở Bà Rịa – Vũng Tàu, 1/BRVT/VN

và 6/BRVT/VN, thuộc nhóm này, có độ tương đồng 100 % giữa 2 chủng và độ tương

đồng so với VR 2332 là 91,4 %, so với chủng tham chiếu Quảng Nam (QN/VN) là

90,1 % (phụ lục 2). Phần trăm tương đồng 2 chủng này so với phân nhóm 2.1 là 90,6 –

91,7 % và so với phân nhóm 2.2 là 89,5 – 91,9 % về mặt nucleotide. Chúng tơi nhận

thấy 2 chủng virus PRRS trên có sự biến chủng và tách thành một nhóm độc lập so với

các chủng virus PRRS Trung Quốc và các chủng thuộc chủng châu Mỹ trước đó cũng

như là các chủng virus phân lập khác trong nghiên cứu này từ Bà Rịa – Vũng Tàu,

Đồng Nai và Tp.HCM. Cần có thêm nghiên cứu về các chủng virus từ khu vực trên để

xem xét đầy đủ hơn về sự biến đổi của chủng virus PRRS tại Bà Rịa – Vũng Tàu.

Virus của vaccine BSL-PS 100 (Besta) mà chúng tơi tiến hành ly trích và giải trình tự

thuộc phân nhóm này, tương đồng 99,7 % so với VR 2332, và tương đồng so với 2

chủng virus PRRS 1BRVT/VN, 6/BRVT/VN là 91,1 % (phụ lục 2).

Xét trong phân nhóm 2.2, các chủng virus PRRS ở Đồng Nai (82/DN/VN,

3428/DN/VN), Bà Rịa – Vũng Tàu (4/BRVT/VN, VD/BRVT/VN ) và Tp.HCM

(T2/HCM/VN và T5/HCM/VN) thuộc phân nhóm này có độ tương đồng cao (98,1 –

30



100 %) và cũng tương đồng 98,4 – 99,5 % so với chủng Trung Quốc độc lực cao phân

lập năm 2006 (SY0608) và 2007 (07BJ, 07HEBTJ, 07HEN), và tương đồng 98.1 –

98.9 % so với chủng phân lập tại Quảng Nam, Việt Nam năm 2007 (07/QN/VN) (phụ

lục 2). Cùng với các chủng Trung Quốc 2006 và 2007 và chủng tham chiếu ở Quảng

Nam, chúng tạo thành một nhóm virus tách biệt so với các chủng virus PRRS còn lại

trong phân nhóm 2.2 (độ tương đồng khoảng 92,3 – 96,1% so với các chủng còn lại

trong phân nhóm 2.2) (phụ lục 2). Độ tương đồng của các chủng Đồng Nai

(82/DN/VN, 3428/DN/VN) , Bà Rịa – Vũng Tàu (4/BRVT/VN, VD/BRVT/VN) và

Tp.HCM (T2/HCM/VN và T5/HCM/VN) so với chủng vaccine BSL-PS 100 là 93 –

93,8 % về mặt nucleotide và so với chủng virus Ingelvac là 93 – 93.8 % (phụ lục 2).

Đối với các mẫu có trình tự trên cả hai khung đọc mở ORF5 và ORF7, chúng

tôi nhận thấy sự phân nhóm theo hai hai khung đọc mở trên là giống nhau. Điều này

cho thấy sự phân nhóm theo từng khung đọc mở là đúng. Cụ thể, ở các mẫu có hai

trình tự ORF5 và ORF7 như T2/HCM/VN, T5/HCM/VN, 82/DN/VN, 3428/DN/VN

và vaccine BSL-PS 100 đều có sự phân bố trên cây di truyền là tương đương nhau

(Hình 4.3 và 4.5). Tuy nhiên, độ biến đổi giữa các chủng trên khung đọc mở ORF5 cao

hơn so với ORF7 (bảng 4.1). Vì thế, xây dựng cây di truyền dựa trên khung đọc mở

ORF5 sẽ cho sự phân biệt giữa các chủng và phân nhóm rõ hơn. Qua đó chúng tơi có

thể khẳng định giải trình tự virus PRRS trên 2 khung đọc mở ORF5 và ORF7 sẽ hỗ trợ

lẫn nhau và làm tăng độ tin cậy của kết quả.

Bảng 4.1 Phần trăm tương đồng giữa các chủng PRRSV dựa trên ORF5 và ORF7

T2

T5

34

82

Chủng

BSLPS100

HCM/VN

HCM/VN

DN/VN

DN/VN

(7)

(5)

(7)

(5)

(7)

(5)

***

93,8 /88,6

BSL-PS100

93,8 /88,4

93,5 /88,2

93,3(7)/87,9(5)

T2/HCM/VN



***



100(7)/99,8(5)



T5/HCM/VN



***



34/DN/VN

82/DN/VN



99,2(7)/99,3(5) 98,9(7)/98,8(5)

99,2(7)/99,5(5)



98,9(7)/99(5)



***



99,2(7)/98,85)

***



(7)



Phần trăm tương đồng dựa vào khung đọc mở ORF7 (5) Phần trăm tương đồng dựa vào

khung đọc mở ORF5. Đồng Nai (3428/DN/VN, 82/DN/VN), TP.HCM (T2/HCM/VN,

T5/HCM/VN) và BSL-PS100.



31



4.4. Sự khác biệt về trình tự amino acid trên GP5 giữa virus PRRS ở Đồng Nai,

Tp.HCM và virus vaccine

Chúng tơi chỉ có trình tự ORF5 trên các chủng virus phân lập ở Đồng Nai và

Tp.HCM, nên trong phần này chỉ tiến hành phân tích trình tự aa của glycoprotein vỏ

(GP5), do ORF5 qui định, trên chủng Đồng Nai và Tp.HCM. Trình tự GP5 của các

chủng Đồng Nai (3428/DN/VN, 82/DN/VN) và Tp.HCM (90/HCM/VN, 91/HCM/VN,

T5/HCM/VN) gồm 200 residue khơng có sự xen vào hay mất aa nào. Có 86 nt khác

biệt giữa virus PRRS Đồng Nai và Tp.HCM so với chủng vaccine BSL-PS100 làm

thay đổi 12 aa (phụ lục 5, 7) và tương tự với vaccine Ingelvac, khác biệt 86 nt làm thay

đổi 8 aa. Độ tương đồng giữa các chủng virus PRRS ở Đồng Nai và Tp.HCM so với

hai chủng vaccine này từ 88.6 – 90,5 % (phụ lục 1) về trình tự nt và 87,9 – 90,4 % về

mặt aa (phụ lục 3).

Đầu N terminal (a.a. 3-39) biến thiên nhiều nhất và chứa một trình tự tín hiệu ở

aa 1 – 31 (putative signal sequence) và đây cũng là vùng qui định vùng chức năng gắn

của virus trong những chủng nhóm 2 (Ostrowski và ctv, 2002). Hai vaccine BLS-PS

100 và Ingelvac tương đồng nhau gần như hồn tồn với VR 2332 trong vùng trình tự

tín hiệu này (aa.1-31). So với chủng vaccine BSL-PS 100 và Ingelvac thì các chủng

Đồng Nai và Tp.HCM có sự biến đổi đồng thời tại vị trí aa 9 (GC) (trong đó chủng

90/HCM/VN khơng bị biến đổi), vị trí aa 16 (SF), 24 CY, 25 FL, 29 AV,

riêng chủng 82/DN/VN ở vị trí aa thứ 28 có sự đột biến L F (hình 4.6 và 4.7C).

Vùng chức năng trung hồ sơ cấp (primary neutralizing epitope, PNE) đóng vai

trò quan trọng trong việc trung hồ virus, trong đó những vị trí, H38 L39 , được xem là

những aa thiết yếu của vùng chức năng trung hồ (Ostrowski và ctv, 2002). Trên trình

tự của PNE gồm S37H(F/L)QLIYN, hai chủng vaccine BSL-PS 100, Ingelvac sự tương

đồng hoàn toàn với VR2332. Các chủng Đồng Nai, Tp.HCM và cùng có sự biến đổi

tại vị trí a.a 39 LI so với 2 chủng vaccine BSL-PS100 và Ingelvac (hình 4.6). Bên

cạnh đó, tại vùng chức năng khơng trung hồ và mang tính trội miễn dịch gồm

(A/V)27LVN gần vùng PNE, vùng chức năng này hoạt động như cái “bẫy” (decoy) gây

ra hầu hết các kháng thể kháng lại GP5 và làm chậm trễ việc sinh kháng thể trung hồ

ít nhất 3 tuần (Ostrowski và ctv, 2002). Cho nên, tình trạng của 2 vùng chức năng quan

trọng này đóng góp vào sự thoát khỏi sự nhận dạng bởi kháng thể kháng trực tiếp

PNE. Vùng này của vaccine BLS-PS 100 là V27LAN, so các chủng Đồng Nai và

32



Xem Thêm
Tải bản đầy đủ (.pdf) (87 trang)

×