Phạm vi nghiên cứu

Sử dụng phần mềm ChemDraw (ChemOffice) GVHD: PGS.TS Bùi Thọ Thanh



PHẦN NỘI DUNG

Chương 1. TỔNG QUAN VỀ CHEMOFFICE



ChemOffice Ultra Ultra 2008 (version 11.0)



ChemOffice Ultra 2008 (version 11.0) là bộ tiện ích hóa học và sinh học tuyệt đỉnh được

thiết kế để đáp ứng những nhu cầu của các nhà hóa học. ChemOffice Ultra cho phép các nhà

nghiên cứu theo dõi công việc hiệu quả, hiểu sâu hơn các công trình, các cấu trúc hóa học

tương quan, và cho hoàn thành các bản báo cáo chuyên nghiệp và hiệu quả hơn bao giờ hết.

ChemOffice 11.0 là bộ phần mềm mạnh mẽ, bao gồm ChemDraw, Chem3D, ChemFinder và

ChemACX cho các nhà hóa học; BioOffice, BioAssay, BioViz, và BioDraw cho các nhà sinh

học; Inventory, E-Notebook và The Merck Index cho các nhà nghiên cứu khoa học.

ChemOffice và BioOffice tương thích với mọi Windows.

Bộ phần mềm hóa học tuyệt vời bao gồm ChemBioDraw Ultra 11.0, MestReC Std,

ChemScript Pro 11.0, ChemBio3D Ultra 11.0, giao diện Chem3D cho tới Schrưdinger’s

Jaguar và Gaussian, GAMESS Pro 11.0, ChemFinder Ultra 11.0, E-Notebook Ultra 11.0,

ChemDraw/Excel và CombiChem/Excel, các điều khiển và plugin ActiveX Pro cho

ChemDraw và Chem3D, cũng như cơ sở dữ liệu ChemINDEX (Index, RXN, NCI & AIDS) và

một đăng kí 1 năm dòch vụ ePub. ChemOffice Ultra bổ sung các giao diện ChemFinder Ultra,

CombiChem/Excel, Chem3D cho Schrưdinger’s Jaguar và Gaussian, GAMESS, và một năm

đăng kí dòch vụ ePub vào bộ phần mềm ChemOffice Pro 2008.

•



ChemBioDraw Ultra 11.0

Tiêu chuẩn không thể thiếu cho các bức vẽ hóa học và sinh học, gồm các proton



HVTH: Nguyễn Xn Qui 4



Sử dụng phần mềm ChemDraw (ChemOffice) GVHD: PGS.TS Bùi Thọ Thanh



•



NMR với các đánh dấu và phân chia đỉnh, các công cụ amino acid và chuỗi ADN,

công cụ vẽ bản TLC, Struct=Name, và công cụ phân tích cân bằng hóa học.

•Kết nối tực tiếp đến cơ sở dữ liệu

Tiến hành tra cứu cơ sở dữ liệu bằng công cụ Database Gateway HotLink. Các kết

quả tìm kiếm bao gồm liên kết đến các nguồn thông tin trong cơ sở dữ liệu, các thuộc

tính cấu trúc, tên gọi và từ đồng nghóa của các kí hiệu hóa học như số nhận dạng ACX

và các thông số CAS.



•



ChemBio3D Ultra 11.0

Trình diễn các mô hình protein đỉnh cao, đồ họa Open GL và các kính lập thể. Các

mô hình phân tử và các tính toán bán kinh nghiệm với giao diện liên kết MOPAC,

Jaguar, GAMESS và Gaussian. Bao gồm liên kết trực tiếp để xem các các mô hình

2D trực tiếp trong môi trường 3D.



•



MestReC Std

Cung cấp các trang thiết bò đònh cao cho việc xử lí dữ liệu, vẽ đồ thò và phân tích dữ

liệu NMR (2D) độ phân giải cao, kết hợp với giao diện đồ họa thân thiện và tự động

để khám phá toàn bộ sức mạnh và sự linh hoạt của nền Windows.



•



ChemFinder Ultra 11.0

Lưu trữ, tìm kiếm và phân tích các số liệu khoa học liên quan bên trong cơ sở dữ liệu

nội bộ có cấu trúc hay qua giao diện liên kết đến các dữ liệu khoa học chia sẻ.



•



E-Notebook Ultra 11.0

Ghi nhận các thiết lập trong phòng thí nghiệm thông qua ChemDraw, Microsoft Word,

Excel, PowerPoint và phần mềm quang phổ. Tìm kiếm theo cấu trúc và văn bản, và

duyệt qua các dấu vết hoàn toàn trực quan.



•



CombiChem/Excel Pro 11.0

Xây dựng các thư viện liên kết trong Microsoft Excel sử dụng các trình xúc tác trợ

giúp được chọn bởi ChemFinder.



•



ChemBioViz Pro 11.0

Tương quan giữa các số liệu về hoạt động hóa học và sinh học, tạo các biểu tượng

tượng trưng đồ họa của các cơ sở dữ liệu ChemFinder nhằm xác đònh chiều hướng và

sự tương quan giữa các số liệu, tính toán số liệu thống kê chi tiết và biểu diễn lên đồ

thò.



•



ChemDraw/Excel Pro 11.0

Cung cấp các bảng số liệu hóa học với các cấu trúc và tìm kiếm các cấu trúc hóa học

trong tài liệu, thư mục hay ổ đóa.



•



ChemDraw ActiveX/Plugin Pro 11.0

Truy vấn cơ sở dữ liệu trực tuyến, xem và in các mô hình trực tuyến. Bộ cài đặt này

tự động cài các plugin và các điều khiển ActiveX cần thiết cho trình duyệt web. Bao

gồm cả chức năng in ấn và lưu trữ.



HVTH: Nguyễn Xn Qui 5



Sử dụng phần mềm ChemDraw (ChemOffice) GVHD: PGS.TS Bùi Thọ Thanh

•



ChemNMR Pro 11.0

Dự đoán các quang phổ NMR của proton carbon-13 từ các mô hình ChemDraw. Độ

dòch chuyển hóa học và cơ chế phân li được hiện thò rõ ràng và liên kết trực tiếp đến

các mô hình đối với cả proton và các dự đoán quang phổ NMR của carbon-13.



•



Struct=Name Pro 11.0

Cung cấp tên nhiều loại hợp chất, bao gồm các hạt muối và các hợp chất dẫn điện,

các mô hình đối xứng hoàn hảo, nhiều loại hợp chất hữu cơ và vô cơ cùng nhiều thứ

khác.



•



ChemScript Pro 11.0

Mở rông ngôn ngữ lập trình Python và nhiều thuật toán hóa học thông minh của

CambridgeSoft bao gồm trong các sản phẩm, đồng thời đem lại cho người dùng dưới

dạng một đoạn mã mô hình mẫu dễ chèn vào ngôn ngữ lập trình. ChemScript cho

phép mở rộng các qui ước hóa học riêng và áp dụng các qui ước này trên hàng loạt dữ

liệu.



•



Gamess Pro 11.0

GAMESS là ứng dụng cho hóa học lượng tử phân tử cơ bản. GAMESS có khả năng

tính toán các hàm số sóng SCF từ các hàm RHF, ROHF, UHF, GVB, và MCSCF. Sửa

đổi mối tương quan giữa các hàm số sóng SCF bao gồm tương tác điều chỉnh, thuyết

hỗn mang bậc hai, và các phương thức bó cặp (Coupled-Cluster), cũng như thuyết tính

xấp xỉ hàm phân bố.



•



Databases

Cơ sở dữ liệu hóa học khoa học tham khảo có chức năng tìm kiếm, bao gồm 1 năm

đăng kí với các cơ sở dữ liệu Ashgate và ChemINDEX.



Yêu cầu hệ thống : Windows Windows 2000, XP, Vista (32-bit); Excel add-ins cần có

MS Excel 2000, 2003, cho XP

ChemDraw Ultra là phần mềm viết và xử lý công thức các chất hóa học tương đối

mạnh, là một phần trong bộ CS ChemOffice của Cambridge Soft, gồm:

+ ChemDraw: chương trình viết công thức hóa học trên mặt phẳng (công thức 2D)

tương đối hoàn chỉnh với nhiều công cụ tiện dụng.

+ Chem3D: chương trình chuyển công thức phẳng thành công thức cấu tạo lập thể

trong không gian 3 chiều (công thức 3D)

+ ChemFinder: chương trình tìm kiếm thông tin về các chất hóa học và phản ứng hóa

học.

+ ChemInfo: chương trình lưu trữ các thông tin có liên quan đến các chất hóa học và

phương trình phản ứng hóa học được cấp sẵn hoặc tự tạo.



HVTH: Nguyễn Xn Qui 6



Sử dụng phần mềm ChemDraw (ChemOffice) GVHD: PGS.TS Bùi Thọ Thanh



HVTH: Nguyễn Xn Qui 7



Sử dụng phần mềm ChemDraw (ChemOffice) GVHD: PGS.TS Bùi Thọ Thanh



Chương 2. HƯỚNG DẪN SỬ DỤNG PHẦN MỀM

( CHEMOFFICE )

2.1. Cài đặt phần mềm ChemOffice vào máy tính

Bước 1. Nhắp đúp vào biểu tượng

sau đó chọn Next



Bước 2. Chọn next để tiếp tục:



HVTH: Nguyễn Xn Qui 8



để bắt đầu cài đặt. Khi đó xuất hiện cửa sổ,



Sử dụng phần mềm ChemDraw (ChemOffice) GVHD: PGS.TS Bùi Thọ Thanh



Bước 3. Chọn Begin để bắt đầu cài đặt



Bước 4. Chọn Next



HVTH: Nguyễn Xn Qui 9



Sử dụng phần mềm ChemDraw (ChemOffice) GVHD: PGS.TS Bùi Thọ Thanh

Xuất hiện cửa sổ, chọn Next để tiếp tục.



Bước 6. Chọn Finish để tiếp tục cài đặt



HVTH: Nguyễn Xn Qui 10



Sử dụng phần mềm ChemDraw (ChemOffice) GVHD: PGS.TS Bùi Thọ Thanh



2.2. Phần mền ChemDraw Ultra 11.0



2.2.1. Khởi động chương trình

Chọn: Star/Program/ChemOffice 2008/Chem Draw Ultra 11.0 hoặc nhấp đúp vào

biểu tượng



trên màn hình



Màn hình làm việc của chương trình sẽ xuất hiện:



HVTH: Nguyễn Xn Qui 11



Sử dụng phần mềm ChemDraw (ChemOffice) GVHD: PGS.TS Bùi Thọ Thanh



2.2.2. Giới thiệu và cách sử dụng thanh menu

2.2.2.1 File menu

Ngồi các lệnh thơng thường, còn có:

Open Special : Chứa các cấu trúc hóa

học

của

amino

acids,

aromatics

(hidrocacbon

phương

hướng),

cycloalkanes, …và các dụng cụ thí nghiệm

hóa học.

 List nicknames: Liệt kê tên thơng

thường của một số chất, liệt kê tên riêng

của cấu trúc và cho phép đưa cấu trúc vào

văn bản hiện hành.



Ví dụ:



HVTH: Nguyễn Xn Qui 12



Sử dụng phần mềm ChemDraw (ChemOffice) GVHD: PGS.TS Bùi Thọ Thanh

- Chọn lệnh File/List

Nicknames, hộp thoại List

Nicknames xuất hiện.



- Chọn tên cấu trúc trong hộp

thoại List Nicknames rồi

Click Paste, tên cấu trúc xuất

hiện.



- Click chuột phải vào tên cấu trúc, chọn lệnh Expand Label (hoặc chọn lệnh Expand

Label từ menu Structure), cấu trúc xuất hiện.







O

C



O



 Ngồi ra còn có một số tùy chọn phục vụ việc in văn bản trên ChemDraw nằm trong

lệnh Preferences….

2.2.2.2 Edit menu

Ngồi các lệnh thơng thường, còn có:



HVTH: Nguyễn Xn Qui 13



Sử dụng phần mềm ChemDraw (ChemOffice) GVHD: PGS.TS Bùi Thọ Thanh

 Get 3D Model : Chuyển cấu trúc hóa học dạng 2D sang cấu trúc hóa học dạng 3D

(mặc nhiên là dạng que).

 Insert Graphic… : Chèn hình từ các file của ChemDraw hoặc các file hình.

 Insert Object… : Chèn đối tượng từ các chương trình khác như Word, Excel, Equation,…

2.2.2.3 View menu

Chứa các lệnh hiện hoặc ẩn các cửa sổ thơng tin về cấu trúc và các thanh cơng cụ.



Ví dụ: chọn lệnh view/show Periodic Table Window, bảng hệ thống tuần hồn xuất

hiện:



- Click chọn ngun tố bất kì, sẽ xuất hiện tên ngun tố và số thứ tự:



HVTH: Nguyễn Xn Qui 14